Основной проект проходит сразу в двух зданиях — огромном здании Арсенала, и частично в павильоне Италии. В этом году он носит название «Энциклопедический дворец», его куратор — Массимилиано Джони, который в свои сорок лет успел выступить куратором и сокуратором целого ряда запомнившихся зрителям и профессионалам проектов — от «Манифесты-5» в Сан-Себастьяне (2004), 4-й Берлинской биеннале (2006), 8-й художественной биеннале в Кванджу (2010) до ироничной Wrong Gallery в Челси, созданной Массимилиано совместно с художником Маурицио Каттеланом и Али Суботник. В настоящий момент Джони занимает пост содиректора и руководителя выставочных программ нью-йоркского Нового Музея, где его именем маркированы такие выставки, как «Остальгия» (2011) и «Карстен Хеллер. Опыт» (2012).
Своим названием «Энциклопедический дворец» основной проект 55-й биеннале обязан работе Марино Аурити — американского художника итальянского происхождения, который мечтал возвести гигантскую башню-депозитарий для всего интеллектуального и проектного наследия человечества. В список участников основного проекта, наравне с такими художниками, как создатель огромных железных скульптур Ричард Серра, автор острых социальных работ Павел Альтхамер и политический активист Артур Жмиевский, вошли мистик Алистер Кроули, психоаналитик Карл Густав Юнг, авторы ритуальных флагов вуду и тантрических рисунков: включив в биеннале аутсайдеров и забытых художников, Джони попытался расширить пространство диалога между современным искусством и культурой вообще. Всего в основном проекте принимают участие 150 художников из 37 стран. Россию представляют видеохудожник Виктор Алимпиев, фотограф Николай Бахарев и Евгений Козлов, малоизвестный у себя на родине и с 1994 года живущий в Берлине.
