Родился в 1974 году в Милане. Учился в Туринском университете.
Читал лекции студентам Королевского колледжа искусств в Лондоне и был куратором лондонского Культурного центра «Барбикан». Позднее стал художественным директором галереи Тейт Ливерпуль.
В сентябре 2017 года присоединился к команде Фонда V–А–C и стал его художественным директором. В 2018 году — сокуратор грандиозного проекта «Генеральная репетиция», подготовленного совместными усилиями фонда V-A-C. Московского музея современного искусства и фонда KADIST (Париж). В марте 2022 года покинул фонд. В 2023 году Франческо Манакорда стал директором музея Кастелло ди Риволи.